Án lệ là gì? Các công bố khoa học về Án lệ

Mặc dù lý thuyết hàm mật độ Kohn–Sham với các hiệu chỉnh gradient cho trao đổi-tương quan có độ chính xác nhiệt hoá học đáng kể [xem ví dụ, A. D. Becke, J. Chem. Phys. 96, 2155 (1992)], chúng tôi cho rằng việc cải thiện thêm nữa là khó có thể xảy ra trừ khi thông tin trao đổi chính xác được xem xét. Các lý lẽ hỗ trợ quan điểm này được trình bày và một hàm trọng số trao đổi-tương quan bán thực nghiệm chứa các thuật ngữ về mật độ quay-lực địa phương, gradient và trao đổi chính xác đã được thử nghiệm trên 56 năng lượng phân ly, 42 thế ion hoá, 8 ái lực proton và 10 tổng năng lượng nguyên tử của các hệ hàng thứ nhất và thứ hai. Hàm này hoạt động tốt hơn đáng kể so với các hàm trước đó chỉ có các hiệu chỉnh gradient và khớp với các năng lượng phân ly thực nghiệm với độ lệch tuyệt đối trung bình ấn tượng chỉ là 2.4 kcal/mol.

Cách tiếp cận phổ biến với vấn đề đa chiều yêu cầu kiểm soát tỷ lệ lỗi gia đình (FWER). Tuy nhiên, phương pháp này có những thiếu sót và chúng tôi chỉ ra một số điểm. Một cách tiếp cận khác cho các vấn đề kiểm định ý nghĩa đa tiêu chuẩn được trình bày. Phương pháp này yêu cầu kiểm soát tỷ lệ phần trăm dự kiến ​​của các giả thuyết bị bác bỏ sai — tỷ lệ phát hiện sai. Tỷ lệ lỗi này tương đương với FWER khi tất cả các giả thuyết đều đúng nhưng nhỏ hơn trong các trường hợp khác. Do đó, trong các vấn đề mà việc kiểm soát tỷ lệ phát hiện sai chứ không phải FWER là mong muốn, có khả năng cải thiện sức mạnh kiểm định. Một quy trình Bonferroni kiểu tuần tự đơn giản được chứng minh là kiểm soát tỷ lệ phát hiện sai cho các thống kê kiểm tra độc lập, và một nghiên cứu mô phỏng cho thấy sự cải thiện sức mạnh là đáng kể. Sử dụng quy trình mới và tính thích hợp của tiêu chí này được minh họa qua các ví dụ.

Bài viết này cung cấp một báo cáo tình trạng về gánh nặng ung thư toàn cầu dựa trên các ước tính về tỷ lệ mắc và tỷ lệ tử vong do ung thư GLOBOCAN 2018 do Cơ quan Quốc tế Nghiên cứu Ung thư thực hiện, với trọng tâm là sự biến đổi địa lý qua 20 vùng trên thế giới. Dự kiến sẽ có 18,1 triệu ca ung thư mới (17,0 triệu không bao gồm ung thư da không melanin) và 9,6 triệu ca tử vong do ung thư (9,5 triệu không bao gồm ung thư da không melanin) vào năm 2018. Trung bình hai giới tính, ung thư phổi là loại ung thư thường được chẩn đoán nhất (chiếm 11,6% tổng số ca) và là nguyên nhân hàng đầu gây tử vong do ung thư (chiếm 18,4% tổng số ca tử vong do ung thư), tiếp theo là ung thư vú ở nữ (11,6%), ung thư tuyến tiền liệt (7,1%), và ung thư đại trực tràng (6,1%) về tỷ lệ mắc và ung thư đại trực tràng (9,2%), ung thư dạ dày (8,2%), và ung thư gan (8,2%) về tỷ lệ tử vong. Ung thư phổi là loại ung thư phổ biến nhất và là nguyên nhân hàng đầu gây tử vong do ung thư ở nam giới, tiếp theo là ung thư tuyến tiền liệt và ung thư đại trực tràng (về tỷ lệ mắc) cũng như ung thư gan và ung thư dạ dày (về tỷ lệ tử vong). Ở nữ giới, ung thư vú là loại ung thư thường được chẩn đoán nhất và là nguyên nhân hàng đầu gây tử vong, tiếp theo là ung thư đại trực tràng và ung thư phổi (về tỷ lệ mắc), và ngược lại (về tỷ lệ tử vong); ung thư cổ tử cung đứng thứ tư về cả tỷ lệ mắc và tỷ lệ tử vong. Tuy nhiên, loại ung thư thường được chẩn đoán nhất và nguyên nhân hàng đầu gây tử vong do ung thư thay đổi đáng kể giữa các quốc gia và trong mỗi quốc gia tùy thuộc vào mức độ phát triển kinh tế và các yếu tố xã hội, lối sống liên quan. Đáng lưu ý rằng dữ liệu đăng ký ung thư chất lượng cao, cơ sở cho việc lập kế hoạch và triển khai các chương trình kiểm soát ung thư dựa trên chứng cứ, không có sẵn ở hầu hết các quốc gia thu nhập thấp và trung bình. Sáng kiến ​​Toàn cầu về Phát triển Đăng ký Ung thư là một đối tác quốc tế hỗ trợ việc ước tính tốt hơn, cũng như việc thu thập và sử dụng dữ liệu địa phương, để ưu tiên và đánh giá các nỗ lực kiểm soát ung thư quốc gia. CA: Tạp chí Ung thư cho Các Nhà Lâm Sàng 2018;0:1‐31. © 2018 Hiệp hội Ung thư Hoa Kỳ

Bài báo này cung cấp thông tin cập nhật về gánh nặng ung thư toàn cầu dựa trên các ước tính về tỷ lệ mắc và tử vong do ung thư từ GLOBOCAN 2020, được sản xuất bởi Cơ quan Quốc tế về Nghiên cứu Ung thư. Trên toàn thế giới, ước tính có 19,3 triệu ca ung thư mới (18,1 triệu ca không bao gồm ung thư da không phải tế bào sắc tố) và gần 10 triệu ca tử vong vì ung thư (9,9 triệu ca không bao gồm ung thư da không phải tế bào sắc tố) vào năm 2020. Ung thư vú ở nữ giới đã vượt qua ung thư phổi trở thành loại ung thư được chẩn đoán phổ biến nhất, với ước tính 2,3 triệu ca mới (11,7%), tiếp theo là ung thư phổi (11,4%), ung thư đại trực tràng (10,0%), ung thư tuyến tiền liệt (7,3%) và ung thư dạ dày (5,6%). Ung thư phổi tiếp tục là nguyên nhân hàng đầu gây tử vong do ung thư, với ước tính 1,8 triệu ca tử vong (18%), tiếp theo là ung thư đại trực tràng (9,4%), ung thư gan (8,3%), ung thư dạ dày (7,7%) và ung thư vú ở nữ (6,9%). Tỷ lệ mắc bệnh chung cao gấp từ 2 đến 3 lần ở các quốc gia đã chuyển đổi so với các quốc gia đang chuyển đổi cho cả hai giới, trong khi tỷ lệ tử vong thay đổi <2 lần đối với nam giới và ít đối với nữ giới. Tuy nhiên, tỷ lệ tử vong do ung thư vú và ung thư cổ tử cung ở nữ giới lại cao hơn đáng kể ở các quốc gia đang chuyển đổi so với các quốc gia đã chuyển đổi (15,0 so với 12,8 trên 100.000 và 12,4 so với 5,2 trên 100.000, tương ứng). Gánh nặng ung thư toàn cầu dự kiến sẽ đạt 28,4 triệu ca vào năm 2040, tăng 47% so với năm 2020, với mức tăng cao hơn ở các quốc gia đang chuyển đổi (64% đến 95%) so với các quốc gia đã chuyển đổi (32% đến 56%) do các thay đổi nhân khẩu học, mặc dù điều này có thể bị ảnh hưởng thêm bởi sự gia tăng các yếu tố rủi ro liên quan đến toàn cầu hóa và nền kinh tế phát triển. Những nỗ lực xây dựng một cơ sở hạ tầng bền vững để phổ biến các biện pháp phòng ngừa ung thư và cung cấp dịch vụ chăm sóc ung thư tại các quốc gia đang chuyển đổi là rất quan trọng để kiểm soát ung thư toàn cầu.

Một phương pháp đã được đưa ra để chuyển giao điện di protein từ gel polyacrylamide sang tấm nitrocellulose. Phương pháp này cho phép chuyển giao định lượng protein ribosome từ gel có chứa ure. Đối với gel natri dodecyl sulfate, mô hình ban đầu của dải vẫn giữ nguyên mà không mất độ phân giải, nhưng việc chuyển giao không hoàn toàn định lượng. Phương pháp này cho phép phát hiện protein bằng phương pháp tự động chụp ảnh phóng xạ và dễ dàng hơn so với các quy trình thông thường. Các protein cố định có thể được phát hiện bằng các quy trình miễn dịch học. Tất cả dung lượng liên kết bổ sung trên nitrocellulose được chặn bằng protein dư thừa, sau đó một kháng thể đặc hiệu được liên kết và cuối cùng, kháng thể thứ hai chống lại kháng thể thứ nhất được liên kết tiếp. Kháng thể thứ hai được đánh dấu phóng xạ hoặc liên hợp với fluorescein hoặc với peroxidase. Protein đặc hiệu sau đó được phát hiện bằng cách chụp ảnh phóng xạ tự động, dưới ánh sáng UV, hoặc bằng sản phẩm phản ứng với peroxidase, tương ứng. Trong trường hợp sau, chỉ cần 100 pg protein có thể được phát hiện rõ ràng. Dự kiến phương pháp này sẽ có thể áp dụng để phân tích nhiều loại protein khác nhau với các phản ứng hoặc liên kết đặc hiệu.

Các bài kiểm tra thống kê được sử dụng trong phân tích các mô hình phương trình cấu trúc với các biến không thể quan sát và lỗi đo lường được xem xét. Một nhược điểm của bài kiểm tra chi bình phương thường được áp dụng, ngoài các vấn đề đã biết liên quan đến kích thước mẫu và sức mạnh, là nó có thể chỉ ra sự tương ứng ngày càng tăng giữa mô hình giả thuyết và dữ liệu quan sát được khi cả thuộc tính đo lường và mối quan hệ giữa các cấu trúc suy yếu. Hơn nữa, và trái ngược với những khẳng định thông thường, rủi ro mắc lỗi loại II có thể đáng kể ngay cả khi kích thước mẫu lớn. Hơn nữa, các phương pháp kiểm tra hiện tại không thể đánh giá được sức mạnh giải thích của một mô hình. Để khắc phục những vấn đề này, các tác giả phát triển và áp dụng một hệ thống kiểm tra dựa trên các thước đo về phương sai chung trong mô hình cấu trúc, mô hình đo lường và mô hình tổng thể.

Motivation: The enormous amount of short reads generated by the new DNA sequencing technologies call for the development of fast and accurate read alignment programs. A first generation of hash table-based methods has been developed, including MAQ, which is accurate, feature rich and fast enough to align short reads from a single individual. However, MAQ does not support gapped alignment for single-end reads, which makes it unsuitable for alignment of longer reads where indels may occur frequently. The speed of MAQ is also a concern when the alignment is scaled up to the resequencing of hundreds of individuals.

Results: We implemented Burrows-Wheeler Alignment tool (BWA), a new read alignment package that is based on backward search with Burrows–Wheeler Transform (BWT), to efficiently align short sequencing reads against a large reference sequence such as the human genome, allowing mismatches and gaps. BWA supports both base space reads, e.g. from Illumina sequencing machines, and color space reads from AB SOLiD machines. Evaluations on both simulated and real data suggest that BWA is ∼10–20× faster than MAQ, while achieving similar accuracy. In addition, BWA outputs alignment in the new standard SAM (Sequence Alignment/Map) format. Variant calling and other downstream analyses after the alignment can be achieved with the open source SAMtools software package.

Availability:  http://maq.sourceforge.net

Contact:  [email protected]